[目的]为新疆野苹果人群资源保护、开发利用提供参考。【方法】以新疆野果林不同自然分布区的野生苹果为调查对象，在不同海拔、坡向和坡向设置20个样方，调查野生苹果种群的危害。[结果]样地共有376株未受害野生苹果树，占总数的34.03%，其中野生苹果幼苗357株，占总数的94.68%。受损新疆野苹果的平均胸径为23.60cm，而未受损植物的平均胸径仅为1.24cm。在不同海拔梯度的样方中，海拔1100~1199m的样方植株受害最少，海拔1300~1399m的样方植株受害最严重。在不同坡向的样方中，西南坡的野生苹果植株受损最少，平地的野生苹果植株受损最严重。在不同坡度的样方中，缓坡的野生苹果植株受损最少，洪泛平原的野生苹果植株受损最严重。在地形因素中，海拔对新疆野苹果破坏的影响最大，坡向对新疆野苹果破坏的影响最小。树木受损指数越大，未受损植物的比例越低，Shannon－Wiener指数越低，均匀度指数越小，Simpson指数越高，新疆野苹果居群受损越严重。托里居群的野生苹果群落受损最严重，霍城的野生苹果群落受损最少。[结论]目前新疆野苹果种群中野生苹果植物有66.00%受到不同程度的损害，其中胸径小于5的cm苹果是新疆野苹果所有径级植物中受损最少的。海拔高度对新疆野苹果的损失影响最大，森林损失指数是衡量新疆野苹果群落损失的重要指标。