虫草Ophiocordyceps　bispora是Ophiocordyceps线虫属的一个古老物种。非生物因子和微生物在其生长、发展和适应环境方面发挥着重要作用。基于IlluminaMiSeq高通量测序技术，在ITS2对五组双孢冬虫夏草样品（内部转录间隔区2）进行测序，以比较不同海拔梯度下的真菌多样性、光照强度丰富度和群落结构。对445株OTUs真菌进行了测序，共鉴定出真菌3门13纲41目69科66属257种。子囊菌门是优势门，线虫草是优势属。多样性指数和相关性分析发现真菌群落多样性与丰富度之间没有显著相关性，海拔梯度、光照强度、植被类型和人类活动可能是影响真菌群落丰富度和多样性的主要环境因素。真菌群落和海拔梯度表明，14属与海拔梯度呈正相关。同时，Ano-sim分析发现，双孢冬虫夏草各群真菌群落之间存在显著差异。以上结果表明，双孢冬虫夏草含有丰富的真菌资源，海拔高度对其群落结构有一定影响，但对其丰富度和多样性影响不大。推测光照强度、人类活动和植被类型可能是影响其真菌群落结构、丰富度和多样性的主要环境因素。本研究为双孢虫草微生物群落真菌资源的发掘和利用提供了参考，为虫草真菌群落与环境的相互作用提供了研究思路