近年来，随着自然资源资产对外审计的逐步发展，对审计方法的研究越来越丰富，以GIS为主导的空间信息技术方法得到了广泛的认可。通过对GIS核心方法——空间评价方法的研究，阐述了简单叠置分析方法、多指标综合叠置分析方法和基于人工智能算法的多因素叠置分析三种评价方法可应用于自然资源资产的偏离审计。同时，以叠置分析方法为例，以异地扶贫搬迁审计为例，验证了空间评价方法在自然资源资产搬迁审计中应用的可行性。最后，通过方法梳理和案例验证，我们得出以下结论：1）将空间评价方法应用于自然资源资产的对外审计是可行的。2） 在自然资源资产审计中，运用空间评价方法，不仅可以准确、快速地发现审计疑点（单因素评价结果），还可以通过各指标之间的空间关系，系统地把握审计对象的整体情况（综合因素评价结果），从而提高效率，自然资源资产审计的科学性和准确性，并协助证据收集决策。