黄芩Scutellaria的baicalensis是中国常用的散装药材。根据叶绿体基因组之前的测序结果，选择trnH psbA、petApsbJ和Ycf4－cemA序列来鉴定商业黄芩样品的种质资源，并由HPLC测定商业样品的黄芩苷含量，以确定检测黄芩市场样品的最佳方法，种质资源和市场样品质量。在这项研究中，从中国24个省份采集了104个样本，并从DNA提取样本用于PCR扩增研究。trnHpsbA、petApsbJ和Ycf4－cemA的扩增效率分别为100%、59.62%和25.96%。序列分析结果表明，trnH-psbA、petA-psbJ和Y-cf4－cemA可分别鉴定出5、4和2个基因型，系统发育树和遗传距离分析结果表明，trnH-psbA片段可用于鉴别黄芩真伪样品。因此，trnH-psbA片段是鉴定市场样品品种质量资源的最佳片段。对市场样品（THap1号~THap5）的基因型进行分析，发现THap2号是市场样品的主要流通基因型，占总样品的86.55%，表明市场上黄芩样品的种质资源较少。HPLC测试了商业黄芩样品中的黄芩苷含量。结果表明，所有采集的商品黄芩样品的黄芩苷含量均超过药典规定的标准，样品之间的黄芩苷含量差异显著，最大差异为12.21%，表明商品黄芩样品的质量参差不齐，不同采集省份和基因型之间的黄芩苷含量没有显著差异。本研究为建立黄芩的鉴别和标准化体系提供了依据，有利于指导黄芩市场样品的流通和临床科学合理用药。