当细菌生长繁殖时，细菌蛋白质的表达受到环境的极大影响，这使得细菌蛋白质的表达变得复杂。在食品生产加工过程中，可能会受到致病菌的污染，细菌产生的内毒素和外毒素会对人体健康构成威胁。因此，需要高灵敏度和高特异性的检测方法来定量分析和鉴定食品中的细菌毒素。蛋白质组学可以揭示细菌蛋白质的组成及其潜在的生物学功能、感染过程中细菌蛋白质表达的变化和发病机制。其中，细菌蛋白质样品的预处理作为细菌蛋白质组学研究的关键步骤，直接影响到鉴定出的细菌蛋白质的质量。本文主要阐述了当前细菌蛋白质组学研究中菌体蛋白和胞外蛋白样品的制备方法及其对蛋白质鉴定和定量的影响，为进一步的细菌蛋白质组学研究提供参考。