基于转录组测序分析弥漫型胃癌特征及其核心基因LUM的表达

作者:李戴牟; 吴留成; 梁榜辉; 潘佳宇; 王婷安; 韦尉元; 金钦文; 凌通; 黄名威; 覃宇周
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目的分析弥漫性胃癌的转录组特征,验证核心基因LUM(Lumican)的表达。方法2021 1月至2021 12月,收集29例胃癌癌症患者及其配对正常组织。其中五名被选为转录组测序和基因表达谱代表。然后,GO和KEGG对差异基因进行了富集和分析。利用cytoscape软件构建差异基因的蛋白质相互作用网络,以评估显性基因集。TCGA胃癌数据库的转录组和临床数据用于基因集表达量和预后分析。RT-qPCR检测了另外24例胃癌组织中核心基因LUM的表达水平。结果与配对正常组织相比,弥漫性胃癌共有175个差异基因,其中91个上调,84个下调。GO和KEGG富集的分析表明,弥漫性胃癌在许多方面参与了与细胞外基质相关的细胞过程和恶性进展。弥漫性胃癌的显性基因集是上皮性的-间充质转化相关基因在COL6A3、LUM、COL1A2、SPARC、COL1A1、CDH11、COL3A1、nid2、BGN和COL4A1的表达水平高于相邻正常组织和肠胃癌组织(均P<0.05)。核心基因LUM高表达的弥漫性胃癌患者的总生存时间缩短(P=0.043)。RT-qPCR试验显示,LUM在胃癌高表达,弥漫性胃癌的表达水平高于肠型和混合型(均P<0.05)。结论弥漫性胃癌的转录组特征表明,EMT相关基因集处于优势地位。其核心基因LUM在弥漫性胃癌的表达增强,高表达患者的总生存时间缩短。LUM可能是弥漫性胃癌的潜在预测标志物和治疗靶点。