台湾近代成为日本殖民地后，海峡两岸继续保持着较为密切的经贸关系。1896年至1925年，台湾对大陆的进出口额翻了一番，但其在台湾总贸易额中所占的比例显著下降。进出台湾的船只的国籍相对稳定，即船只来自14个国家，主要是日本，帆船来自10个国家，主要是中国。台湾有15个主要港口与大陆保持贸易和运输关系，其地位的重要性不断变化。出口对象主要是东南沿海、广东、浙江和上海地区的福建，厦门长期以来一直是价值第一的国家。进口对象主要来自福建、浙江、上海、广东、汕头、辽东半岛和关东州。清季在泉州和厦门排名第一，但民国远远超过了关东州。就进出口而言，华北地区的顶级港口很少，而且出现得较晚。汉口是唯一可以在内陆地区排名的港口。