肠道微生物测序研究在将微生物结果转化为人类健康方面具有巨大潜力。16S扩增子测序（16S Aristole）和整个meganome鸟枪测序（WMS）是微生物组研究中的两种主要方法，每种方法都有各自的优势。然而，样本的异质性和文库制备方法的差异如何影响肠道微生物测序结果的重复性仍有待进一步研究。本研究旨在通过比较粪便样品中微生物组成的差异，为测序技术的选择提供参考标准。三种广泛使用的测序仪的结果表明，WMS法的技术重复相关性（r=0.94）较高，而生物重复相关性（r=0.69）较低。Bray-Curtis距离显示，生物重复的差异大于技术重复（P<0.001）。此外，16S和WMS的数据集在分类地图上存在显著差异。结果表明，均匀化是样品DNA提取前的必要步骤。测序器对分类学变异的贡献小于文库制备方法。我们在计算中发展了经验贝叶斯方法，即借用信息，并使用标准化数据和（非）参数先验分布分析了批次效应参数，这提高了16S和WMS之间的人口可比性，为在已公布的16S和微生物数据集的融合分析中进一步应用提供了基础。