贵州传统小曲中功能酵母的开发利用对黄酒和小曲白酒酿造风味的研究具有重要意义，分析功能酵母菌株和种内差异可以建立分子指纹库，它为酿造过程中相应菌株的监测提供了可追溯的分子身份。本研究通过26SrRNA基因D1/D2序列分析，从贵州五个不同地区的传统曲酒中分离出59株酵母，鉴定为6株酵母：阿萨丝孢酵母Trichosporon　asahii1株、扣囊覆膜孢酵母Saccharomycopsis　fibuligera32株、malanga酵母菌8株、伯顿丝孢毕赤酵母Hyphopichia　burtonii4株、威克汉姆异常酵母6株、Wicker、hamomyces　anomalus和酿酒酵母Saccharomyces　cerevisiae8株。本研究揭示了6株酵母菌株的WL培养基菌落特性和5.8s-Afghanian特性，为快速鉴定这6株酵母菌株提供了依据。本研究在菌株鉴定的基础上，采用Tandem　repeat-tRNA（TRt和RNA）指纹图谱法进一步分析了酵母的种内差异，共显示了17个基因型。H.burton、ii、w.anomalus和S.fibuligera分别鉴定出4、3和8个基因型，其中S.fibuligera基因型10、11、12、15、16和17具有密切的亲缘关系，其他菌株内部基因型之间的亲缘关系相对较远。