十三五时期，随着生态文明改革的不断深入，水环境治理已向精细化、科学化的污染治理转变，成效显著。以重庆市十三五国家评估部门的地表水环境质量评估为例，基于时空多尺度的概念，提出了“多尺度综合评价”研究地表水环境质量时空演变的方法，以地表水环境质量和主要污染物在过去一年和一年的变化规律为出发点，在空间尺度上从点（出入口断面）到线（高山干流），再到地表（全市地表水）进行综合分析。结果表明，在十三五期间，重庆市国家评估区地表水环境质量逐年改善，年内水质变化总体上呈现出下半年水质好于上半年的规律。夏季主要污染物浓度显著增加，地表水环境污染主要由农业面源污染造成。整个区域的良好水质与经济发展水平呈负相关，东部地区的水质明显好于西部地区。氮磷防治效果显著，在消减率分别为30.89%和10.45%。研究结果对评价十三五以来的污染控制效果具有现实意义，也可为十四五地区的相关污染控制提供理论依据。