现行的政府会计制度改革了传统的会计模式，强调了原有的事业单位会计与行业会计制度的融合，以及会计分录预算会计与财务会计的双轨运行，给事业单位的财务管理带来了巨大的变化。长期以来，由于各种原因，高校决算存在诸多问题，严重影响了报表的编制质量。为了提高高校院系决算的质量，帮助高校院系改进现阶段决算编制的流程和方法，本文详细分析了决算编制的基本内容和编制要求，探讨了决算编制的思路、方法和存在的问题，并从部门协调配合、会计基础工作和会计人员专业水平三个方面提出了相应的改进建议。