广泛的税基、统一的增值税税率和快速有效的进项税退税制度是增值税制度有效运行的三个条件。长期以来，我国理论界和实务界对进项税的税基和税率关注较多，对进项税退税相关问题的研究相对较少。对此，本文对我国增值税制度的实际运行模式和理论设定模式进行了比较，发现实际运行模式中进项税预缴环节使企业承担了额外的风险，从而降低了企业的风险承担水平。增值税转型改革和营改增都强化了这种抑制效应。研究结论表明，降低进项税的预支成本，实施进项税退税，应成为我国未来深化增值税制度改革的重要内容。