目的研究昼夜节律紊乱对机体和肠道屏障的影响，为预防和干预昼夜节律紊乱引起的健康问题提供理论依据。方法30只SD雄性大鼠随机分为对照组和昼夜节律紊乱组（以下简称紊乱组）。对照组大鼠暴露于正常光周期（12h光照/12h暗循环），障碍组大鼠暴露于反转光照循环（12h光照/12h暗循环，每3天反转一次，共5个周期）。采用16S　r　RNA测序技术对大鼠结肠的物种组成和群落结构进行了测定和分析。通过苏木精伊红染色法公司（HE）观察结肠的组织学变化。Western　blot法检测闭塞素、Claudin1、Claudin3和ZO－1紧密连接蛋白的表达。结果与对照组相比，障碍组肠道菌群的多样性和组成有所减少和改变。在门静脉水平上，疾病组的肠道组织丰度（t=2.672，P=0.028）增加，但减少（t=2.732，P=0.024）和放线菌门（t=2.717，P=0.026）。在属水平上，疾病组肠道细菌（t=4.468，P=0.002）、瘤胃球菌（t=4.096，P=0.007）、梭状杆菌（t=2.619，P=0.038）和木聚糖真杆菌（t=2.500，P=0.041）的丰度降低。结肠粘膜下层轻度水肿，但粘膜上皮无明显损伤。结肠紧密连接蛋白occludin（t=7.283，P<0.001）、Claudin1（t=13.660，P<0.001）、Claudin3（t=10.596，P<0.001）和ZO－1（t=6.919，P<0.001）的表达降低。结论长期昼夜节律紊乱导致大鼠肠道菌群的组成和结构发生改变。长期昼夜节律紊乱也会破坏肠道紧密连接，从而破坏肠上皮屏障的完整性，进而增加肠道通透性。