女性骨关节炎患者外周血单个核细胞基因表达谱的生物信息学分析
作者:杨威; 袁普卫; 杜龙龙; 韩清民
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目的分析骨关节炎(OAosteoarthritis)中老年女性与正常人(NC)、外周血单个核细胞(PBMCs)和基因表达谱中老年女性的差异,探讨OA在血液中的诊断和治疗目标。方法从GEO数据库下载GSE48556数据集。利用R语言在OA和NC之间屏蔽差异表达基因。通过基因集富集分析(GSEA)获得目标基因子集,通过DAVID分析GO和KEGG途径。PPI网络由STRING和Cytoscape软件构建,Mcode和centiscape插件用于模块分析,Cytohubba筛选关键基因。结果GSEA分析和p.adjust<0.05&log2fc>0.2筛选出292个靶基因,其中81个上调,211个下调。GO富集的分析主要集中在NIK/NF-B的调节、单核细胞增殖、凋亡信号通路的调控、TNF介导的信号通路、Wnt信号通路的调控等生物功能方面,如MAP激酶活性的调节和自噬的调节,KEGG主要集中在以下四条途径:自然杀伤细胞介导的细胞毒性、TNF信号途径、MAPK信号途径和细胞凋亡。使用PPI网络和相关插件,筛选了八个核心基因,包括MAPK1、IL10、PTGS2、IL18、GSK3b、NFkBIA、夏洛克·TNFRSF1a和EGR1,这些基因与OA和细胞凋亡的炎症高度相关。结论通过生物信息学分析发现,OA和NC之间的差异集中在细胞凋亡和炎症反应,使其成为OA的诊断和治疗目标。