病原体检测和宿主内病原菌治疗的过程会对患者的生活质量产生更严重的影响。本文综述了基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI TOF MS）在常规标本病原体鉴定和耐药菌检测中的应用和进展，总结了MALDI TOF MS在血培养阳性标本、尿路感染标本和呼吸道感染标本病原体鉴定中的应用，根据是否使用抗生素，将耐药菌的检测分为直接检测和间接检测。产生酶和细胞成分的方法为直接检测，添加抗生素检测耐药菌的方法为间接检测。MALDI-TOF-MS在病原菌鉴定和耐药菌检测方面具有良好的效果。它具有操作简单、省时、准确、吞吐量高、成本低等优点，在未来也有很大的发展潜力。各实验室应建立与本实验室相适应的MALDI-TOF-MS检测体系，规范样品预处理和基质选择，缩短检测周转时间，为临床提供准确的检测报告，指导感染患者的治疗。