Homology Modeling, Molecular Docking, and Molecular Dynamic Simulation of the Binding Mode of PA-1 and Botrytis cinerea PDHc-E1
作者：饶缔; 贺军波; 冯江涛; 张维农; 蔡萌; 贺红武
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为了恢复5-（4-（4-chlorophenoxy）methyl）-5-碘代-1 H-1，2，3-三唑-1-基）methyl）-2-methylpyrimidin－4－amine（PA－1）对灰霉病菌（B.cinerea）的潜在杀蜂机制，cinereaB.pyruvate dehydrogenase complex E1、component（PDHc－E1）的三维结构是同源建模的，as the PA－1显示出有效的E.coli PDHc－E1和B.cinerea inhibition。随后的分子对接表明PA-1可以与B紧密结合。cinerea、PDHc－E1分子动力学模拟和mm-PBSA计算都表明，两种分子间相互作用——堆积力和水生物力——对PA-1和B的结合贡献最大，PA-1中的碘原子和ser181中的oh之间的卤素键相互作用也是crucial