蓝藻是地球上最古老的生物之一。其形态结构相对简单。它是一种产氧光合作用的原核生物。山西省晋阳湖是华北地区上最大的人工湖。本研究采用经典毛细管法从晋阳湖采集的蓝藻中分离纯化了五株丝状蓝藻。通过光学显微镜观察细胞形态、结构特征（如细胞形状、宽度和鞘层）和显微结构，并通过16S　rRNA序列分析系统发育关系，阐明晋阳湖蓝藻的种类，为防止蓝藻水华湖的发生，维护水资源环境稳定和生态平衡提供理论数据。结果表明：（1）分离纯化的五株丝状蓝藻按形态特征分为三个科，其中两株（JYH005和JYH012）为亚科（Leptolyngbyaceae），两株（JYH008和JYH022）为伪鱼腥藻科（Pseudanabaenaceae），一株（JYH010）为沙特阿拉伯丝藻科（Desertifilaceae）。（2） 根据16S　rRNA序列构建的系统发育树表明，在五种丝状蓝藻中，JYH005为结丝藻属（Nodosilinea）是其中之一。JYH008可以归为Arthronema。在培养条件下可以观察到这种蓝藻的不同形态特征，这可能是一个新种。JYH010为沙丝藻属（Desertifilum）就是其中之一。JYH012可归为细鞘丝藻属（Leptolyngbya）。JYH022和伪鱼腥藻是一个，由于与该科其他藻类的相似性不到90%，且不能聚为一个分支，因此只能归类为伪鱼腥藻科。结果表明，基于16S　rRNA序列的系统发育分析与形态学鉴定一致。研究结果丰富了山西省晋阳湖丝状蓝藻的多样性，为湖泊的资源利用和环境保护提供了一定的科学依据。