随着物流市场需求的不断变化和创新风险的不断加大，单一的双边联盟越来越难以满足物流企业创新活动的需要。一些物流企业选择与跨地区的其他企业建立多种联盟关系，形成物流企业联盟，实现资源互补，促进创新效益的提高。然而，大多数物流企业尚未充分认识到加强物流企业联盟联合管理能力的重要性。基于此，本文探讨了物流企业联盟组合管理能力对合作创新效益的影响机理，以期指导物流企业提高合作创新效益。研究发现，联盟组合管理能力与合作创新效率之间存在正相关关系。预测规划能力、组合创造能力、关系管理能力和组合规划能力都会促进合作创新效率。知识权力和关系学习是物流企业联盟组合管理能力与合作创新效率之间的中介，其中关系学习的影响更为深远。