中枢神经系统性原始神经外胚层瘤基因表达谱芯片的生物信息学分析

作者:赵文慧; 徐冬祥; 钟雷; 冯万文
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目的分析基因表达谱CNS PNETs基因芯片,从分子水平探讨CNS PNETs的可能发病机制。方法从GEO数据库、GSE35493和GSE74195下载CNS PNETs的基因表达谱芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具和Venn软件,使用DAVID数据库的在线分析工具筛选差异表达基因(DEGs),基因本体论(Gene ontology,GO)和路径富集(Kyoto,基因和基因百科全书,KEGG)在DEGs进行了分析。通过STRING的在线分析工具,Cytoscape软件及其插件cytoHubba对CNS PNETsDEGs的分析进行了蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以找到关键基因。结果共获得262个DEGs基因,其中49个上调基因和213个下调基因。GO功能和KEGG信号通路富集分析的结果表明,DEGs涉及DNA转录和有丝分裂、核分裂、细胞分裂、运动行为、学习记忆和突触信号传递等生物过程,并参与细胞周期、肿瘤相关通路和p53信号通路、突触相关信号通路,cAMP信号通路和钙离子信号通路。STRING分析筛选了10个关键基因:CDK1号、Cdc20号、MAD2L1号、KIF11、ASPM、TOP2A号、TTK、NDC80、NUSAP1、DL、GAP5号。结论包括CDK1在内的10个关键基因可能在中枢神经系统PNET的发生发展中起重要作用。本研究为探讨中枢神经系统PNET的发病机制提供了新的线索。