在蓝藻的合成生物学中，无标记删除大片段可以加快基因组简化的过程。以PCC7942聚球藻为材料，基于同源重组技术，在没有标记的情况下删除了基因组中三个大于10kb的非必需区域。构建一个两侧均含有在聚球藻中不能复制的同源片段的质粒，将其导入接合转移的藻类细胞中，获得同源单交换株，然后在条件致死法的帮助下筛选第二步交换的克隆，获得未标记的缺失突变体。实践证明，传统的同源重组和筛选技术可以用于蓝藻基因组大片段的无标记缺失。