中国南方主要粮食产区的土壤酸化处理是耕地地力促进粮食生产的重要内容。本研究旨在探讨酸化土壤改良剂牡蛎壳粉和石灰对水稻土酸度、磷有效性和形态、酶活性及相关功能基因的影响。盆栽试验设计了两种改良剂（0.05%、0.10%和0.15%）的三种施用量，以水稻为试验作物。结果表明，牡蛎壳粉和石灰均能显著提高土壤养分含量，降低土壤交换酸含量，且随着改性剂用量的增加，其改良效果增强。在相同用量下，石灰对土壤酸度的改善效果高于牡蛎壳粉。四种有效磷提取剂提取的土壤有效磷测定结果表明，牡蛎壳粉和石灰显著提高了土壤中H2SO4－P磷、Bray磷和奥尔森磷的含量，奥尔森磷的含量随着改性剂用量的增加而增加。土壤中不同形态无机磷的含量为：Fe-P>Al-P>ca-P。石灰和牡蛎壳粉显著提高了土壤中Al-P和Fe-P的含量，分别为26.3%～37.4%和7.9%～23.7%。0.15%改性剂显著提高了钙磷含量。石灰和牡蛎壳粉可以改善DHA、ALP、IPP和phoD基因拷贝数的土壤活性，但可以改善ACP的土壤活性。phoC和pqqC拷贝数的活性有所下降。改良剂（0.10%和0.15%）显著提高水稻产量，石灰和牡蛎壳粉的添加量在0.15%时分别提高水稻产量34.2%和46.8%，但对秸秆生物量没有显著影响。相关分析表明，土壤无机磷和速效磷含量与pH和ALP的活动显著相关。改良剂通过消除土壤酸化，提高土壤磷酸酶活性，改善了土壤磷营养，对作物产量起到了积极的促进作用。